2019年10月1日,5-羟甲基化胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖尿病研究领域(yù)取得重(chóng)要进展(zhǎn)。2型糖尿病(T2D)的血管并(bìng)发(fā)症是导致(zhì)2型糖尿病致(zhì)残(cán)致死的重要病(bìng)因,一直缺乏一种无创便捷的临床途径实现血管(guǎn)并发症的发生发展监测,达到早发现、早干预,以提高T2D病人的(de)整体生活质量,减少卫生(shēng)经济负担。
该研究入组了62例(lì)2型糖(táng)尿病病(bìng)人,采用5hmC-Seal技术对血(xuè)浆cfDNA中表观遗传标志物5hmC的分布情况进行检测,分析5hmC标志(zhì)物与2型糖尿病血管并发症发生发展的相关性。结果表明5hmC标志物的变化与T2D合并大血管/微(wēi)血管事件具有(yǒu)相关(guān)性,主要涉及一些与血管生物学和糖(táng)尿(niào)病(包括胰岛素耐受(shòu)和炎症反应)相关的基因和信(xìn)号通路。该研(yán)究建立的16个基因(yīn)-5hmC标志物组合检测可以准确(què)区分(fèn)有并发症和(hé)无并(bìng)发症的2型糖尿病病人[实验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优于传统临床变(biàn)量例如(rú)白(bái)蛋(dàn)白尿。除(chú)此之外,还建立了(le)13个基因-5hmC标志物(wù)组(zǔ)合检(jiǎn)测,可以进一步(bù)区分T2D合并单一并发(fā)症和多种并发症[实验组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明显优于(yú)其他(tā)传(chuán)统临床变量。该研(yán)究得出结论(lùn),5hmC标志物反映(yìng)了T2D病人大血(xuè)管/微血管并(bìng)发(fā)症发生过程中(zhōng)的表观遗(yí)传变化,因而(ér)5hmC-Seal检测(cè)技术在(zài)监测糖尿病血管(guǎn)并发症发生和进(jìn)展(zhǎn)方面具有良(liáng)好的临床应用(yòng)前景。
试验设计(jì)
本研究共纳入62例2型糖(táng)尿病(bìng)病人,包括没有血管并发症的病人12例(lì),有单一血管并发症的病人34例(24例发生大血管事件,10例(lì)发生微血(xuè)管事件),以及(jí)有多(duō)种血管(guǎn)并发症的(de)病人16例。试验(yàn)收集62例病人血浆,提取(qǔ)cfDNA,利用(yòng)5hmC-Seal技术(shù)捕获外周血cfDNA中的(de)5hmC序列,进行二代(dài)测序,通过(guò)生物信息学分(fèn)析找出并发(fā)症(zhèng)组与无并发症组(zǔ)之(zhī)间有显著(zhe)5hmC修(xiū)饰差异的基因,单一并发(fā)症组和多种(zhǒng)并(bìng)发症组之间有显著5hmC修饰差异的基因。随后利用回归模型对(duì)差异基因进一步筛选、优化(huà),弹性网络进一(yī)步筛选(xuǎn),计算加权平均分,最后得到一组具有高度灵敏度和特异性(xìng)的5hmC生物标(biāo)记物(wù),并进一(yī)步在实验组中验证,分析其灵敏度(dù)和特异性。并将新建(jiàn)立(lì)的5hmC标志(zhì)物基因组合(hé)的(de)检测性能与传统临床(chuáng)变(biàn)量进(jìn)行对比分析。最后对相关基因(yīn)进行了信(xìn)号通(tōng)路分析和(hé)功能探究。
5hmC修饰水平(píng)与血管并发症具有相(xiàng)关(guān)性(xìng)
利用逻辑回归模型对62例有(yǒu)并发症和无(wú)并发症2型糖(táng)尿(niào)病病人的(de)5hmC差异水平进行(háng)分(fèn)析发现,有并发症2型糖尿病病人的622个(gè)差异修饰候选基因(包括上调和下调基因)的归(guī)一化平均数(shù)要明显高于无并发(fā)症的病人(P<0.001),但是单一并发症(zhèng)和多发并发症病人之(zhī)间没有显著(zhe)差异。
之后将有单一(yī)并发症或多种并发症(zhèng)的(de)50例病人用逻辑回归模(mó)型(xíng)进行了对比(bǐ),发现(xiàn)多种并发症的病人的153个差异修饰候选基(jī)因(包括上调(diào)和下调基因)的归一化平均数要低于无并发症病人(P<0.001)。
5hmC标志物可区分有无并(bìng)发(fā)症患者
62例2型糖尿病病人(rén)被随机(jī)分成(chéng)训练组(n=31)和(hé)测试组(n=31)。利用弹(dàn)性网络筛选后发现,16基因-5hmC标志物组合检测可以用于区分(fèn)有并发症和无并发症的2型糖尿病(bìng)病人。
基于16基因组合模型(xíng) (Detection Model 1) 的加权平(píng)均分分析,发现无并发症病人的分数在训练集和测试集中都明显低于有并发(fā)症的(de)病人。只考虑加权平均分(fèn)的(de)话,受(shòu)试者工作(zuò)特征(zhēng)曲(qǔ)线(ROC)分析(xī)表明(míng)将cutoff值设(shè)置成0.5时(shí),在测试组中(zhōng)中的灵敏度为60%,特异性为(wéi)100%。 5hmC标志物(wù)可区分病人是单一并发症还是多种并发症 50例有并发症的2型糖尿病病人被随机分(fèn)成(chéng)训(xùn)练组(n=25)和测试组(n=25)。利用弹性网络(luò)筛选(xuǎn)后发现(xiàn),13基因-5hmC标志物组合可以区分2型糖尿病(bìng)病人是否发生(shēng)单一(yī)并发症或多种(zhǒng)并发症。 基于13基因组合(hé)模型 (Detection Model 2), 我们计(jì)算了单一并(bìng)发症(zhèng)和(hé)多种(zhǒng)并发症(zhèng)的加权平均(jun1)分,发(fā)现在(zài)训练(liàn)集(jí)和(hé)测试集中单一并发症(zhèng)和多种并发症病(bìng)人(rén)的分数都有明显(xiǎn)差异。值(zhí)得一提的(de)是,有肾病并发症和无肾病并发症(zhèng)病人的分数也有明显(xiǎn)差(chà)异。利用加权平均分作为判断标准(zhǔn)的受(shòu)试者工(gōng)作特征(zhēng)曲线(ROC)表明,在(zài)测试组中当将cutoff值(zhí)设成0.69时,灵敏度为87.5%,特异性(xìng)为68.8%。 5hmC标(biāo)志物与传(chuán)统临床变量/危险因子的对比 我们评(píng)估了不同临床变量/危险因子用于监测血管并(bìng)发症的灵敏(mǐn)度和特异性(见表1)。
总体来说,结(jié)果(guǒ)表明一些临床变(biàn)量(如尿液白蛋白、血清ALT、AST、肌酐、GGT、脂蛋白a)虽然具有一定的灵敏(mǐn)度(dù)和特异性(xìng),但是整体(tǐ)准确(què)度仍然差强人意,因此临床需要更加准(zhǔn)确的方(fāng)法。另外,我们还在训练(liàn)组中建(jiàn)立5hmC和(hé)不(bú)同临(lín)床变量(liàng)的多变量组(zǔ)合模型进行(háng)评估,该模型加(jiā)权平均分(fèn)的(de)AUC要明显(xiǎn)大于传统临(lín)床变量的AUC。若将这些临床变量与加(jiā)权平均分进行(háng)结合(hé),AUC也将进一步(bù)提高。因(yīn)此,该多变量(liàng)模型表明加权平均分可作为一个独(dú)立的指(zhǐ)标用于监测2型糖尿病血管并发症。
信号(hào)通路分析和功能探究(jiū) 有并发症和无并发症(zhèng)病人(rén)的(de)135个差异(yì)候选基因的功能注释分析表(biǎo)明,这些基(jī)因主要富集在一些经典的(de)信号(hào)通路。错(cuò)误发现率相关(guān)P值位于前10%和基因数(shù)目(mù)≥3的信号通路包括由(yóu)IGF1R, IL-10和FGFR2所介导的信号通路(lù)。由(yóu)IGF1R和IL-10介导的信号通路与胰岛素(sù)抵(dǐ)抗及炎症(zhèng)反(fǎn)应相关,在血管生物(wù)学和糖尿(niào)病发生发展过程中(zhōng)发挥(huī)重要作用。 Reactome相(xiàng)互作用网络的(de)中心表明,泛素编(biān)码(mǎ)基因[泛素B (UBB),泛素(sù)C (UBC),泛素A-52亚基核糖体蛋白(bái)融合(hé)产物1(UBA52)]是候(hòu)选基(jī)因(如SMAD3, FOXD2, DRAP1, MCIDAS, MLN, PIANP和TBCC)的重要连接者。在这135个差(chà)异候(hòu)选基(jī)因(yīn)中, 一(yī)些(xiē)基因 (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLN, P=0.0021, HR=20.40; CCL3L1, P=0.018, HR=0.44)表现出与糖尿病病程相关的倾向,表明5hmC和(hé)糖尿病血管并发症之间可能存在时间依赖性的相(xiàng)互作用。基于(yú)纵向时间(jiān)队列的大样本研究,将可(kě)进(jìn)一步(bù)明(míng)确(què)5hmC变化和(hé)糖尿病持续(xù)时间之间(jiān)的动态关联。关于(yú)单一并发症和多种并(bìng)发症病人的159个候选标志基因的功能注(zhù)释(shì)研究发现,存在细胞(bāo)-细胞(bāo)连接、胶原(yuán)蛋白形成、新陈代谢、细胞应激(jī)应答(dá)信号通路的富集,这些信号通路(lù)均与细胞基本功能密(mì)切相关。 研究(jiū)意义 血管并(bìng)发症是三分之二糖尿(niào)病病人的死(sǐ)亡原因,若能及早有效控制血(xuè)管并发症的(de)发生,将极大地改(gǎi)善(shàn)糖尿(niào)病病人(rén)的生存(cún)质量。该研究建立了(le)一种利用cfDNA进行2型糖尿病血管并发症监测的(de)无创便捷方法,较目前临床(chuáng)标志物能(néng)更准确地监控血管(guǎn)并(bìng)发(fā)症的发生,从(cóng)而提示临床及早(zǎo)采取应(yīng)对措施(shī),有效控制病情进展。
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